La historia se centra en el presente donde un nuevo empleado en Abstergo Entertainment se mete en la piel de Shay Patrick Cormac a través del Animus. La trama inicia justo en el año 1752 con Shay y Liam (un asesino profesional y corsario del Chevalier). Ambos se encuentran náufragos en una isla en el atlántico Norte durante la Guerra de los Siete Años.